U cilju efikasnijeg i racionanijeg obavljanja delatnosti u Zavodu se organizuju sledeći Centri:
- Centar za promociju zdravlja, analizu, planiranje, organizaciju zdravstvene zaštite, informatiku i biostatistiku u zdravstvu
- Centar za prevenciju i kontrolu bolesti
- Centar za higijenu i humanu ekologiju
- Centar za mikrobiologiju
- Služba za pravne, ekonomsko-finansijske, tehničke i druge slične poslove
U okviru organizacionih celina formirani su odseci i odeljenja:
I Centar za promociju zdravlja, analizu, planiranje, organizaciju zdravstvene zaštite, informatiku i biostatistiku u zdravstvu
- Odsek za promociju zdravlja i zdravstveno vaspitanje
- Odsek za analizu, planiranje i organizaciju zdravstvene zaštite
- Odsek za informatiku i biostatistiku u zdravstvu
II Centar za prevenciju i kontrolu bolesti
- Odsek za imunizaciju i antirabičnu zaštitu
- Odsek za nezarazne bolesti i zdravstveni nadzor
- Odsek za zarazne bolesti i DDD poslove
III Centar za higijenu i i humanu ekologiju
- Odeljenje higijene
- Odeljenje sanitarne hemije i ekotoksikologije
- Odsek za ispitivanja vazduha
- Odsek za ispitivanje vode, hrane i predmeta opšte upotrebe
- Odsek za instrumentalnu analitiku
IV Centar za mikrobiologiju
- Odeljenje kliničke mikrobiologije
- Odeljenje sanitarne mikrobiologije
V Služba za pravne, ekonomsko-finansijske, tehničke i druge slične poslove
- Odeljenje za pravne, opšte i tehničke poslove
- Odeljenje za ekonomske i računovodstvene poslove