У циљу ефикаснијег и рационанијег обављања делатности у Заводу се организују следећи Центри:
- Центар за промоцију здравља, анализу, планирање, организацију здравствене заштите, информатику и биостатистику у здравству
- Центар за превенцију и контролу болести
- Центар за хигијену и хуману екологију
- Центар за микробиологију
- Служба за правне, економско-финансијске, техничке и друге сличне послове
У оквиру организационих целина формирани су одсеци и одељења:
I Центар за промоцију здравља, анализу, планирање, организацију здравствене заштите, информатику и биостатистику у здравству
- Одсек за промоцију здравља и здравствено васпитање
- Одсек за анализу, планирање и организацију здравствене заштите
- Одсек за информатику и биостатистику у здравству
II Центар за превенцију и контролу болести
- Одсек за имунизацију и антирабичну заштиту
- Одсек за незаразне болести и здравствени надзор
- Одсек за заразне болести и ДДД послове
III Центар за хигијену и и хуману екологију
- Одељење хигијене
- Одељење санитарне хемије и екотоксикологије
- Одсек за испитивања ваздуха
- Одсек за испитивање воде, хране и предмета опште употребе
- Одсек за инструменталну аналитику
IV Центар за микробиологију
- Одељење клиничке микробиологије
- Одељење санитарне микробиологије
V Служба за правне, економско-финансијске, техничке и друге сличне послове
- Одељење за правне, опште и техничке послове
- Одељење за економске и рачуноводствене послове